Como Genin, es colocado en el grupo 7, junto a Sakura Haruno, por quien Naruto tiene sentimientos ocultos y Uchiha Sasuke, quien por su perfeccionismo y gran habilidad, se convertiría en el gran rival de Naruto. Como sensei del grupo entra Kakashi Hatake, que tenía la fama de que ninguno de los grupos que iban a estar con él habían conseguido pasar su prueba inicial. La prueba consistía en conseguir quitarle uno de los dos cascabeles que llevaba. Al principio todos intentaron individualmente robar un cascabel de Kakashi, siendo el que más estuvo cerca de lograrlo Sasuke. Al final ninguno pudo arrebatarle un cascabel y castigó a Naruto por intentar robar la comida, advirtiéndoles a los demás que si le daban algo, los suspenderán. A pesar de su advertencia, tanto Sasuke como Sakura estuvieron a punto de darle comida, cuando Kakashi aparece enfurecido, a punto de castigarlos, preguntándoles porque se atrevieron a desobedecerle, a lo que ellos responde que son uno mismo y por eso actuaron como actuaron. Acto seguido Kakashi les aprobó como Genins oficiales.
Hacia el País de las Olas
escoltar al constructor de puentes Tazuna, hasta su casa en el País de las Olas. La misión al inicio aparenta ser sencilla, pero se complica cuando el mafioso Gato contrata a Zabuza Momochi, un peligroso ninja renegado de la Aldea Oculta de la Niebla, para asesinar al constructor.
Tras una pelea inicial entre él y Kakashi, en la que aparentemente Zabuza es derrotado por un ANBU asesino de su propia aldea, el equipo llega a su destino, y esperan en la casa de Tazuna un tiempo hasta que Kakashi recupere fuerzas tras usar su Sharingan. En este período Naruto aprende a moldear mejor su chakra, con un entrenamiento de subir árboles andando sobre la corteza.
Finalmente Zabuza reaparece, el que supuestamente lo había matado era su discípulo Haku simulando su ataque mortal por una muerte falsa. En la pelea siguiente Kakashi logra derrotar a Zabuza definitivamente, pero tanto Sasuke como Naruto son acribillados por las técnica de agujas de Haku, muy superior. Cuando Haku parece haber matado definitivamente a Sasuke dejándolo tirado en el suelo, Naruto se deja llevar por el Kyūbi, con el cual mediante un gran golpe que le dio a su adversario consigue salir del jutsu de Haku. Tras los acontecimientos posteriores y su charla con Haku sobre si los ninjas no son más que meras herramientas, Naruto toma la decisión de tomar su propio camino ninja y no echarse atrás en ninguno de sus propósitos.
Exámenes Chūnin
Una vez terminada la misión en el País de las Olas, el Equipo 7 es inscrito a los examenes de ascenso a Chunin por su sensei Kakashi Hatake. Antes de la primera fase del exámen, Rock Lee desafía a Sasuke Uchiha en un combate cuerpo a cuerpo, a lo que Naruto con cierto enfado ataca primero a Lee porque estaba fastidiado de que siempre tomaran en cuenta a Sasuke y a él no, pero Lee sin necesidad de golpes logra derribarlo y dejarlo inconsciente. En la primera fase del examen, se trata de una prueba escrita, todos los Genin deben copiar para aprobar, pero sin ser atrapados por los centinelas. Aunque el resto de los participantes se percataron de esto, Naruto no tenía ni idea, se esforzó por responder preguntas que estaban más allá de su intelecto, pero aun así fue incapaz de contestar correctamente alguna. Hinata quien estaba junto a él, se ofreció a que le copiara, pero se negó, por miedo a que lo atraparan y lo echaran del examen a él junto con su equipo. Naruto al ver que no podía contestar ni una sola pregunta se vio obligado a confiar en la décima para pasar. Ibiki Morino comentó que si alguien se negaba a contestar la décima pregunta no se les permitiría llevar a cabo el examen Chunin de nuevo y que no podrían salirse en pleno transcurso del examen, Naruto aun así insistió en responder la décima y última pregunta afirmando que algún día él se convertiría en Hokage. La décima pregunta consistía en saber si su voluntad era tan fuerte como para enfrentarse a lo desconocido, y después de responderla, Naruto y su equipo quedan calificados para la segunda fase. Después de esto el primer sensor, Ibiki Morino, se sorprende al saber que Naruto no contestó ni una sola pregunta en su examen escrito.
En la segunda fase, el Equipo 7 y el resto de los Genin son enviados al Bosque de la Muerte, la tarea de los equipos es tratar de conseguir un segundo pergamino (cielo o tierra) quitándoselo a otro equipo, pero deben obtener dos pergaminos diferentes, uno del cielo y otro de la tierra, ya que si son iguales será nula su calificación. Poco después de entrar al Bosque, Naruto es emboscado por un shinobi de la Lluvia el cual trata de hacerse pasar por él, pero Sasuke Uchiha logra percatarse de que era un jutsu de transformación y logra repelerlo yéndose del lugar. Después de esto una gran tempestad de viento provocada por Orochimaru hace que el Equipo 7 se divida, quedándose Sasuke y Sakura solos contra el sannin mientras que Naruto es tragado por una inmensa serpiente, Orochimaru inmoviliza a Sasuke y Sakura para matarlos, pero Sasuke logra persuadirlo salvándo a Sakura y a él mismo de Orochimaru. Antes de que Sasuke le diera el pergamino a Orochimaru a cambio de que los dejara en paz, aparece Naruto interviniendo esto y mediante el chakra del Kyubi, Naruto obtiene una devastadora fuerza y ataca a la serpiente de Orochimaru. Orochimaru al ver tremenda fuerza sostiene a Naruto y le implanta el sello de los 5 puntos, por el cual lo deja totalmente inconsciente. Después de haber despertado, Naruto y su equipo junto con Kabuto son encaminados a la Torre de control, pero son encontrados por el Equipo Oboro quienes mediante un genjutsu solo hacen que caminen en círculos. Naruto mediante clones de sombras transformados en su equipo y en Kabuto, logra derrotar al Equipo Oboro y a sus clones, y así recobran su pergamino y pasan a la siguiente ronda.
Debido que muchos Genin pasaron la segunda fase, el Tercer Hokage se vio en la necesidad de organizar encuentros preliminares, donde los mismos Genin que lograron pasar se enfrentarían cara a cara para así disminuir el número de shinobi para la tercera fase. Después de ver los primeros encuentros, Naruto se enfrentaría contra Kiba y su perro, Akamaru. Kiba al recordar viejos momentos en la academia, creyó que Naruto sería pan comido. En el comienzo Kiba y Akamaru son los primeros en atacar y Naruto se las ve difícil. Naruto mediante un jutsu de transformación logra
esenfocar a Kiba al saber que este le sería difícil saber quien era Naruto, pero gracias a su olfato, Kiba logra localizar a Naruto dándole un gran golpe, aun así Naruto revierte la transformación logrando convertirse ahora en Akamaru para confundir a Kiba, Kiba al ver a Naruto transformado en Akamaru, golpea a su otro clon dañando así al verdadero Akamaru y dejándolo inconsciente. Naruto al ver el momento de distracción de Kiba, revierte la transformación y lo ataca, pero este lo embiste, Naruto al ver que Kiba lo atacaría de nuevo decide sacar a la luz su nueva técnica pero en un intento fallido Kiba logra acercársele a él con un olfato 1000 veces más agudo, pero sin aviso Naruto le proporciona un gas en su cara y en ese mismo momento Naruto aprovecha para llevar a cabo su "Combo Uzumaki" dejando así a Kiba descalificado.
Mientras se llevaban a cabo los enfrentamientos restantes, Naruto fue testigo de lo cruel que fue Neji Hyuga con su prima, Hinata. Naruto molesto por como Neji la trató, juró derrotar a Neji en su próximo combate contra él en un mes después. Mientras tanto, Naruto comenzó a entrenar con Ebisu para mejorar su control de chakra. Cuando Ebisu es noqueado por Jiraiya, Naruto obliga al sannin a que lo entrene en lugar de Ebisu, ya que este estaba inconsciente. Jiraiya al aceptar entrenarlo, le comenta a Naruto que él contiene en su interior al Kyubi y que el sello de los 5 puntos que Orochimaru había marcado en él provocaba inestabilidad en su control de chakra, así que lo retiro de Naruto. Después le enseñó como aprovechar el chakra del Kyubi, mostrándole a utilizar el jutsu de Invocación para convocar sapos. A pesar de tener poco éxito en un principio, Naruto logró finalmente convocar a Gamabunta, justo antes de que comenzaran las rondas finales del examen.
Cuando el combate contra Neji comienza, Naruto parecía estar en desventaja. A pesar de que fue capaz de abrumar a Neji con sus clones de sombras, ningún clon tuvo algún éxito. Neji convencido de que Naruto era un fracasado y que no tenía oportunidad contra alguién tan genio como él, liberó la técnica 8 Trigramas 64 Palmas, para alterar el flujo del chakra de Naruto. Naruto al no quedar mal tras su promesa, liberó reservas de chakra del Kyubi para revitalizarse, obteniendo mas velocidad y poder y volver a pelear contra Neji. Cuando el humo del impacto del chakra del Kyubi de
Naruto y del torbellino de Neji se disipa, Naruto parece haber sido derrotado, pero en último minuto aparece debajo de la tierra dándole un golpe masivo a Neji dejándolo tirado en el suelo. Neji es llevado adentro, pensando en el hecho de que el destino no está previsto, ya que un fracaso podría vencer a un genio, mientras que Naruto se queda observando el resto de los enfrentamientos. Cuando Sasuke lucha contra Gaara, tiene envidia por las grandes capacidades que obtuvo mientras entrenaba con Kakashi, pero el enfrentamiento es interrumpido por la invasión a la Aldea de la Hoja.
Invasión a Konoha
En la invasión a la Aldea de la Hoja, Naruto cae en el genjutsu que Kabuto había esparcido en todo el estadio, pero fue despertado por Sakura para que pudieran ir tras Sasuke quien estaba persiguiendo a Gaara para poder seguir con su combate. Gracias a Pakkun pudieron llegar a tiempo antes de que Gaara matara a Sasuke. Intrigado por las habilidades de Naruto, Gaara obligó a Naruto a que peleara contra él, ya que si no lo hacía él mataría a Sakura. Naruto no estaba dispuesto a sacrificar las vidas de sus compañeros, así que con el chakra del Kyubi invocó a Gamabunta para luchar contra Gaara quien ya había liberado completamente a Shukaku.Naruto con un golpe logra despertar a Gaara de su jutsu "muerte falsa". Ambos comparten golpes y caen al suelo agotados. Gaara se sorprende al ver que Naruto era tan fuerte, ya que se preocupa por los demás y no por si mismo, Naruto le explica que él también tuvo una infancia dura y solitaria y que gracias a sus amigos pudo liberarse de ella. Gaara lo entiende y es retirado por Temari y Kankuro, y en el trayecto Gaara se disculpa con sus hermanos, mientras que Naruto vuelve con Sasuke y Sakura a Konoha.
Los días pasan, y Naruto y el resto de los shinobis y habitantes de la aldea se reúnen para hacer acto de presencia en el funeral del Tercer Hokage por su sacrificio por el pueblo.
El Regreso de Itachi Uchiha
Jiraiya convence a Naruto para que le acompañe en la búsqueda de Tsunade, una antigua amiga y excepcional ninja médico, diciéndole que le enseñará un movimiento mejor que el Chidori de Sasuke. La intención real del sannin es proteger a Naruto de la Organización Akatsuki, que anda buscándole para capturar a Kyūbi y usarlo para sus propios fines. Itachi Uchiha y Kisame Hoshigaki, miembros de dicha organización consiguen distraer a Jiraiya e intentan capturar a Naruto, pero la aparición de Sasuke les interrumpe: busca venganza contra su hermano mayor por haber matado a todo su clan. Itachi está a punto de matarle con su técnica Tsukuyomi cuando aparece Jiraiya y obliga a los dos miembros de Akatsuki a huir con la técnica que lleva a cabo, teniendo Itachi que usar la técnica Amaterasu para escapar.
Jiraiya le cuenta a Naruto el motivo por el que le persiguen, y el se da cuenta de que tiene que hacerse más fuerte para protegerse a sí mismo y a los demás de estos nuevos enemigos.
La Búsqueda de Tsunade
Después de que la invasión a la aldea diera como resultado la muerte del Tercer Hokage, Jiraiya se encarga de buscar a una Quinta Hokage. Jiraiya convence a Naruto de que este lo acompañe en su búsqueda, con la promesa de enseñarle un nuevo jutsu. En el camino, se encuentran con Itachi Uchiha y Kisame Hoshigaki, dos miembros de la Organización Akatsuki, que trataron de capturar a Naruto para obtener al Kyubi sellado en él. Jiraiya fue capaz de deshacerse de ellos, pero sabía que Naruto sería el objetivo permanente de Akatsuki y que solo serían problemas para él. Para prepararse en futuros encuentros, Jiraiya le enseña a utilizar el Rasengan, un jutsu creado por Minato Namikaze. Naruto y Jiraiya finalmente encuentran a Tsunade, la candidata ideal para Quinto Hokage. Cuando rechazó la oferta e insultó a los antiguos hokages, Naruto furioso la atacó con un Rasengan incompleto. Aunque no logró conseguir nada, Naruto logró sorprender a Tsunade con su progreso, así que esta le hizo una apuesta: si él podía dominar la técnica en una semana, le daría su collar, pero de no ser así ella se quedaría con todo su dinero. Estuvo de acuerdo y comenzó a practicar, pero al terminar la semana aun le faltaba terminar la formación. Decepcionado, se reunió con Tsunade y Orochimaru, el que asesinó al Tercer Hokage, Naruto trató de combatir, pero Jiraiya se lo impidió.
Hacia el País del Té
Saga exclusiva del Anime. Después de que Sasuke fue curado por Tsunade, a el Equipo 7 se le asignó la misión de escoltar a un corredor del País del Té sin Kakashi. Al principio de la misión se encuentran con Idate Morino, su cliente. Aunque Idate no aprobaba su ayuda, Naruto y el resto de su equipo decidieron ayudarlo de todas maneras, ya que ese era el objetivo de su misión. Casi al final de la carrera, Aoi Rokusho interfiere, y ataca repentinamente a Idate y al Equipo 7. Aoi con su espada logra repeler los ataques de Naruto, pero gracias al Chidori de Sasuke logra hacerle una abertura a su espada la cual Naruto la aprovecha y la remata con su Rasengan rompiendo completamente la espada Raijin de Aoi Rokusho, mandándolo a un abismo. Después de esto, Naruto ayuda a Idate a llegar a la meta de la carrera y logra ganarla. Después de eso, Ibiki Morino, el hermano mayor de Idate, envía un barco al País del Té para traer devuelta al Equipo 7, esta siendo la última vez que Ibiki vuelve a ver a su hermano menor.
La Deserción de Sasuke
Naruto logró alcanzar a Sasuke en el Valle Del Fin, muy cerca de la frontera entre el País del Fuego y el País de los Campos de Arroz. Como Sasuke estaba dispuesto a matar a Naruto para ir en busca del poder que Orochimaru le había ofrecido, Naruto sabía que tendría que pelear en serio si quería llevar a Sasuke devuelta a la aldea. Sasuke llevado a sus límites, logró desarrollar su Sharingan añadiéndosele una tercera aspa.
Cuando Naruto liberó el poder del Kyubi, en su aura se formaba la figura de un zorro con un gran chakra rojo. Al ver esta gran cantidad de chakra y poder, Sasuke se vió en la necesidad de liberar su sello maldito al segundo nivel.
En un último ataque, Naruto atacó con su Rasengan y Sasuke con su Chidori, creando como impacto una gran esfera de poder. Finalmente, Sasuke derrotó a Naruto, mientras que este quedó inconsciente por el impacto, y Sasuke al mirar fijamente a Naruto se dio cuenta de que no podía matar a su propio amigo, así que simplemente siguió con su camino.
Kakashi junto con Pakkun lograron llegar a la localización de Naruto y traerlo devuelta. Naruto al ver a Sakura en el hospital, le prometió que no se daría por vencido y que algún día traería devuelta a Sasuke a la aldea. Jiraiya entonces visita a Naruto y trata de convencerlo de que desista de la idea de traer de vuelta a Sasuke ya que sabe del dolor que esto conlleva por haber intentado traer de vuelta a Orochimaru a su aldea y no quiere que Naruto pase por lo mismo que él. Naruto le dice a su maestro que por más que quisiera no podría desistir ya que sería más feliz perdiendo el tiempo con tal de traer de regreso a casa a Sasuke. Jiraiya entonces decide llevarse a Naruto con él para que se someta a un nuevo entrenamiento que duraría dos años y medio el cual concluirá cuando Naruto crea estar listo. Naruto parte con el Sannin inmediatamente para comenzar con el entrenamiento. 
